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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fbd | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF THE CATALYTIC MECHANISM OF THE NEUTRAL FORM OF FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
![]() | FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(PHOSPHORIC MONOESTER) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gluconeogenesis / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / monosaccharide binding / negative regulation of glycolytic process ...Gluconeogenesis / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / monosaccharide binding / negative regulation of glycolytic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / regulation of gluconeogenesis / AMP binding / dephosphorylation / gluconeogenesis / negative regulation of cell growth / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Liang, J.-Y. / Huang, S. / Ke, H. / Lipscomb, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies of the catalytic mechanism of the neutral form of fructose-1,6-bisphosphatase. 著者: Zhang, Y. / Liang, J.Y. / Huang, S. / Ke, H. / Lipscomb, W.N. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Neutral Form of Fructose-1,6-Bisphosphatase Complexed with the Product Fructose 6-Phosphate at 2.1 Angstroms Resolution 著者: Ke, H. / Zhang, Y. / Liang, J.-Y. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.24534, -0.4243, -0.87165), ベクター: 詳細 | THE WHOLE MOLECULE IS A TETRAMER OF FOUR IDENTICAL CHAINS. THE OTHER HALF OF THE MOLECULE IS RELATED TO THE A + B DIMER BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD OPERATION (Y, X, -Z). THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36503.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | 非ポリマーの詳細 | THE SUBSTRATE ANALOGUE 2,5-ANHYDROGLUCITOL-1,6-BISPHOSPHATE OCCUPIES THE ACTIVE SITE OF THE A AND B ...THE SUBSTRATE ANALOGUE 2,5-ANHYDROGLU | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 11800 / % possible obs: 75.8 % / Num. measured all: 59064 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.172 / Rfactor obs: 0.172 / 最高解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.53 |