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- PDB-1fav: THE STRUCTURE OF AN HIV-1 SPECIFIC CELL ENTRY INHIBITOR IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fav
タイトルTHE STRUCTURE OF AN HIV-1 SPECIFIC CELL ENTRY INHIBITOR IN COMPLEX WITH THE HIV-1 GP41 TRIMERIC CORE
要素
  • HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA
  • PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / gp41 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Synthesis and processing of ENV and VPU / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / symbiont-mediated evasion of host immune response / mediator complex binding / positive regulation of establishment of T cell polarity ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Synthesis and processing of ENV and VPU / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / symbiont-mediated evasion of host immune response / mediator complex binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / cellular response to amino acid starvation / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / viral protein processing / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / receptor ligand activity / DNA-binding transcription factor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / chromatin binding / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein ...: / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4 / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhou, G. / Ferrer, M. / Chopra, R. / Strassmaier, T. / Weissenhorn, W. / Skehel, J.J. / Oprian, D. / Schreiber, S.L. / Harrison, S.C. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2000
タイトル: The structure of an HIV-1 specific cell entry inhibitor in complex with the HIV-1 gp41 trimeric core.
著者: Zhou, G. / Ferrer, M. / Chopra, R. / Kapoor, T.M. / Strassmaier, T. / Weissenhorn, W. / Skehel, J.J. / Oprian, D. / Schreiber, S.L. / Harrison, S.C. / Wiley, D.C.
履歴
登録2000年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA
C: PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3182
ポリマ－13,3182
非ポリマー00
水00
1
A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA
C: PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)

A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA
C: PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)

A: HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA
C: PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9546
ポリマ－39,9546
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area17320 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.819, 35.819, 164.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 ENVELOPE PROTEIN CHIMERA


分子量: 9268.784 Da / 分子数: 1 / 変異: L2I, V6I, L9I, N13I, L16I, V20I, L23I, V27I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERA CONSISTS OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP41
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
属: Lentivirus / プラスミド: PRSET / 遺伝子: GCN4,AAS3,ARG9,YEL009C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: P03377
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN)


分子量: 4049.338 Da / 分子数: 1 / Fragment: OUTER PEPTIDE OF GP41 OF HIV-1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in HIV-1.
参照: UniProt: P03377, UniProt: P04578*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 25mM PIPES, 0.25M MgAc, 2.5% isopropanol, 10mM Hepes, 37.5mM NaCl, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH8.3
450 mMPIPES1reservoirpH6.9
65 %isopropanol1reservoir
375 mM1dropNaCl
50.5 M1reservoirMgAc2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. all: 2806 / Num. obs: 2574 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3→15 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue 125 chain C was modelled based on residues 124 and 126. The occupancy of this residue is 0.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 398 -random
Rwork0.24 ---
all0.24 2806 --
obs0.24 2574 88 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数888 0 0 0 888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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