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- PDB-1f8s: CRYSTAL STRUCTURE OF L-AMINO ACID OXIDASE FROM CALLOSELASMA RHODO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF L-AMINO ACID OXIDASE FROM CALLOSELASMA RHODOSTOMA, COMPLEXED WITH THREE MOLECULES OF O-AMINOBENZOATE.
要素L-AMINO ACID OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / OXIDASE / ENANTIOMERIC SPECIFICITY / o-AMINOBENZOATE / ACTIVE SITE FUNNEL / HELICAL DOMAIN / FAD-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phenylalaine oxidase activity / L-amino-acid oxidase / amino acid catabolic process / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / apoptotic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINOBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Pawelek, P.D. / Cheah, J. / Coulombe, R. / Macheroux, P. / Ghisla, S. / Vrielink, A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: The structure of L-amino acid oxidase reveals the substrate trajectory into an enantiomerically conserved active site.
著者: Pawelek, P.D. / Cheah, J. / Coulombe, R. / Macheroux, P. / Ghisla, S. / Vrielink, A.
履歴
登録2000年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-AMINO ACID OXIDASE
B: L-AMINO ACID OXIDASE
C: L-AMINO ACID OXIDASE
D: L-AMINO ACID OXIDASE
E: L-AMINO ACID OXIDASE
F: L-AMINO ACID OXIDASE
G: L-AMINO ACID OXIDASE
H: L-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,73948
ポリマ－450,3948
非ポリマー11,34540
水42,8402378
1
A: L-AMINO ACID OXIDASE
B: L-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,43512
ポリマ－112,5992
非ポリマー2,83610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: L-AMINO ACID OXIDASE
D: L-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,43512
ポリマ－112,5992
非ポリマー2,83610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: L-AMINO ACID OXIDASE
F: L-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,43512
ポリマ－112,5992
非ポリマー2,83610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: L-AMINO ACID OXIDASE
H: L-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,43512
ポリマ－112,5992
非ポリマー2,83610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.553, 137.180, 212.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Biological unit is a dimer.

-
要素

#1: タンパク質
L-AMINO ACID OXIDASE


分子量: 56299.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P81382, L-amino-acid oxidase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物...
ChemComp-BE2 / 2-AMINOBENZOIC ACID / アントラニル酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 137.136 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG4000, ammonium sulfate, sodium citrate, glycerol, o-aminobenzoate., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
詳細: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 395029 / Num. obs: 335974 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 1.13 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Num. unique all: 12419 / % possible all: 47.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 3864620.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: HIS223 IN CHAINS A-H WERE MODELLED AND REFINED WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS EACH HAVING HALF OCCUPANCY F0-FC DENSITY OBSERVED EXTENDING FROM ALA149 SUGGESTING POSSIBLE SEQUENCING ERROR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 28205 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all-283071 --
obs-283071 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.32 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30784 0 776 2378 33938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDRefine-IDWeight Biso Weight position
11X-RAY DIFFRACTION250
22X-RAY DIFFRACTION2200
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 4255 9.8 %
Rwork0.241 39238 -
obs--90.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FAD_COV.PARAMFAD_COV.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION5BE2.PARAMBE2.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg4.06
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.267 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.241

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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