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万見
- PDB-1f8g: THE X-RAY STRUCTURE OF NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8g
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE FROM RHODOSPIRILLUM RUBRUM COMPLEXED WITH NAD+
要素NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide fold / Proton pump Transhydrogenase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADH binding / NAD+ binding / NAD binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain ...Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1 / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Buckley, P.A. / Baz Jackson, J. / Schneider, T. / White, S.A. / Rice, D.W. / Baker, P.J.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Protein-protein recognition, hydride transfer and proton pumping in the transhydrogenase complex.
著者: Buckley, P.A. / Baz Jackson, J. / Schneider, T. / White, S.A. / Rice, D.W. / Baker, P.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystallization of the dI Component of Transhydrogenase, A Proton-Translocating Membrane Protein
著者: Sedelnikova, S.E. / Burke, J. / Buckley, P.A. / Rice, D.W. / Jackson, J.B. / Cotton, N.P.J. / Grindley, R.L. / Baker, P.J.
履歴
登録2000年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
B: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
C: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
D: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7678
ポリマ－164,1134
非ポリマー2,6544
水26,2841459
1
A: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
C: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3834
ポリマ－82,0562
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
2
B: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
D: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3834
ポリマ－82,0562
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.900, 116.600, 102.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer. Two are present in asymmetric unit, chains A and C and chains B and D.

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要素

#1: タンパク質
NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE


分子量: 41028.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
プラスミド: PCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60164, UniProt: Q2RSB2*PLUS, EC: 1.6.1.1
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM NAD (+), 25% methylethyl PEG 2000, 200mM sodium phosphate buffer, pH7.5, 30mM Ammonium sulphate. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
詳細: Sedelnikova, S.E., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1170.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1drop
330 mMammonium sulfate1drop
410 mMNAD+1drop
5200 mMsodium phosphate1reservoir
630 mMammonium sulfate1reservoir
710-20 %mPEG20001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM30A10.9796
シンクロトロンESRF BM30A20.9794
シンクロトロンESRF BM30A30.9686
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年10月30日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年10月30日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE1999年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97941
30.96861
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 99140 / Num. obs: 99140 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Num. unique all: 5966 / % possible all: 89.4
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 4776 5% random
Rwork0.21 --
all-90649 -
obs-90649 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11116 0 158 1459 12733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.025
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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