+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f8e | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Native Influenza Neuraminidase in Complex with 4,9-diamino-2-deoxy-2,3-dehydro-N-acetyl-neuraminic Acid | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / neuraminidase / hydrolase / influenza protein / glycosylated protein / DANA / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Smith, B.J. / Colman, P.M. / Von Itzstein, M. / Danylec, B. / Varghese, J.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Analysis of inhibitor binding in influenza virus neuraminidase. 著者: Smith, B.J. / Colman, P.M. / Von Itzstein, M. / Danylec, B. / Varghese, J.N. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f8e.cif.gz | 99 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1f8e.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f8e_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1f8e_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1f8e_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f8e_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/1f8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/1f8e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43723.770 Da / 分子数: 1 断片: INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE STALK CLEAVED BY PRONASE RELEASING FULLY ACTIVE RESIDUES 82-468 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/tern/Australia/G70C/1975(H11N9)) (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / 属 (発現宿主): Influenzavirus A 発現宿主: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株 (発現宿主): RECOMBINANT (NWS/G70C) N9 参照: GenBank: 324880, UniProt: P03472*PLUS, exo-alpha-sialidase |
---|
-糖 , 3種, 5分子 A
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
---|---|---|---|
#3: 糖 | #5: 糖 | |
-非ポリマー , 2種, 373分子
#4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Laver, W.G., (1984) Virology, 137, 314 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→60 Å / Num. all: 98509 / Num. obs: 96246 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique all: 6805 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 627381 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_plane_restr / Dev ideal: 0.92 |