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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f8a | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR THE PHOSPHOSERINE-PROLINE RECOGNITION BY GROUP IV WW DOMAINS | ||||||
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![]() | ISOMERASE / Peptidyl-Proline Isomerase / WW domain / phosphoserine binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / postsynaptic cytosol / negative regulation of SMAD protein signal transduction ...cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / postsynaptic cytosol / negative regulation of SMAD protein signal transduction / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of amyloid-beta formation / cytoskeletal motor activity / protein peptidyl-prolyl isomerization / phosphoserine residue binding / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / : / ciliary basal body / positive regulation of GTPase activity / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphoprotein binding / synapse organization / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / regulation of protein stability / tau protein binding / negative regulation of protein catabolic process / neuron differentiation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ISG15 antiviral mechanism / beta-catenin binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein binding / midbody / regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / response to hypoxia / protein stabilization / nuclear speck / positive regulation of protein phosphorylation / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Verdecia, M.A. / Bowman, M.E. / Lu, K.P. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for phosphoserine-proline recognition by group IV WW domains. 著者: Verdecia, M.A. / Bowman, M.E. / Lu, K.P. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer of Pin1 bound to the phosphorylated peptide |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 897.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SOLID-PHASE PEPTIDE SYNTHESIS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM MOPSO-Na+, 28% PEG 8000, 2 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE DIP100S / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→62.02 Å / Num. obs: 293095 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / Num. unique all: 17107 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17107 / Num. measured all: 293095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.84→41.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1085629.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36 Å2 / ksol: 0.3734 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→41.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.29 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor Rwork: 0.239 |