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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f8a | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR THE PHOSPHOSERINE-PROLINE RECOGNITION BY GROUP IV WW DOMAINS | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Peptidyl-Proline Isomerase / WW domain (WWドメイン) / phosphoserine binding (ホスホセリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction ...cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of amyloid-beta formation / cytoskeletal motor activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / phosphoserine residue binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / positive regulation of protein dephosphorylation / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphoprotein binding / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein stability / tau protein binding / neuron differentiation / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ISG15 antiviral mechanism / beta-catenin binding / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein binding / midbody / 遺伝子発現の調節 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / response to hypoxia / nuclear speck / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Verdecia, M.A. / Bowman, M.E. / Lu, K.P. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for phosphoserine-proline recognition by group IV WW domains. 著者: Verdecia, M.A. / Bowman, M.E. / Lu, K.P. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f8a.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f8a.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/1f8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/1f8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer of Pin1 bound to the phosphorylated peptide |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, プロリルイソメラーゼ |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 897.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SOLID-PHASE PEPTIDE SYNTHESIS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM MOPSO-Na+, 28% PEG 8000, 2 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE DIP100S / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→62.02 Å / Num. obs: 293095 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / Num. unique all: 17107 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17107 / Num. measured all: 293095 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.84→41.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1085629.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36 Å2 / ksol: 0.3734 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→41.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.29 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor Rwork: 0.239 |