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- PDB-1f75: CRYSTAL STRUCTURE OF UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM MICRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f75
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM MICROCOCCUS LUTEUS B-P 26
要素UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / PARALLEL BETA SHEET / new fold for Isoprenoid Synthase / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Micrococcus luteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Zhang, Y.-W. / Higuchi, Y. / Li, X.-Y. / Koyama, T. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of cis-prenyl chain elongating enzyme, undecaprenyl diphosphate synthase.
著者: Fujihashi, M. / Zhang, Y.W. / Higuchi, Y. / Li, X.Y. / Koyama, T. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of undecaprenyl diphosphate synthase from Micrococcus luteus B-P 26
著者: Fujihashi, M. / Shimizu, N. / Zhang, Y.W. / Koyama, T. / Miki, K.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0834
ポリマ－57,8902
非ポリマー1922
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.197, 60.161, 75.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE


分子量: 28945.227 Da / 分子数: 2 / 変異: K54R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrococcus luteus (バクテリア) / プラスミド: PMLUEX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O82827, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
50.1 Msodium citrate1reservoir
60.5 Mammonium sulfate1reservoir
71.0 Mlithium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 10 / Num. obs: 57323 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.43 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / % possible all: 56.8
反射
*PLUS
Num. obs: 23530 / Num. measured all: 57323
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.246 1252 Random
Rwork0.19 --
all-24741 -
obs-23489 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3504 0 10 38 3552
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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