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- PDB-1f74: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f74
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE: CRYSTAL FORM II COMPLEXED WITH 4-DEOXY-SIALIC ACID
要素N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
キーワードLYASE / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NAY / N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Lawrence, M.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Active site modulation in the N-acetylneuraminate lyase sub-family as revealed by the structure of the inhibitor-complexed Haemophilus influenzae enzyme.
著者: Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Ooi, H.C. / Marcuccio, S.M. / Campi, E.M. / Jackson, W.R. / Brossmer, R. / Sommer, M. / Lawrence, M.C.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
C: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1149
ポリマ－65,1232
非ポリマー9907
水15,223845
1
A: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
C: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
ヘテロ分子

A: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
C: N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,22718
ポリマ－130,2464
非ポリマー1,98114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area40540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.213, 118.009, 80.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chains A and C generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE / NAL


分子量: 32561.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44539, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物 ChemComp-NAY / 6,7,8,9-TETRAHYDROXY-5-METHYLCARBOXAMIDO-2-OXONONANOIC ACID


分子量: 293.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO8
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
390 mM1dropNaCl
419 %(w/v)PEG40001reservoir
50.1 M1reservoirNH4OAc
60.1 M1reservoirNaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 83160 / Num. obs: 78893 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Num. unique all: 4116 / % possible all: 53.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 423057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.6→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3942 -RANDOM
Rwork0.169 ---
all-78772 --
obs-78772 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 65 845 5490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg0.023
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.063

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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