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万見
- PDB-1f6y: MAD CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF METHYLTETRAHYDROFOLATE: CORRINO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f6y
タイトルMAD CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF METHYLTETRAHYDROFOLATE: CORRINOID/IRON-SULFUR PROTEIN METHYLTRANSFERASE (METR)
要素5-METHYLTETRAHYDROFOLATE CORRINOID/IRON SULFUR PROTEIN METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / carbon dioxide fixation / cobalamin / methyltatrahydrofolate / methyltransferase / one-carbon metabolism / TIM barrel / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


5-methyltetrahydrofolate-corrinoid/iron-sulfur protein Co-methyltransferase / methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein methyltransferase activity / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / carbon fixation / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methyltransferase activity / methylation / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein co-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Doukov, T.I. / Seravalli, J. / Stezowski, J.J. / Ragsdale, S.W.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a methyltetrahydrofolate- and corrinoid-dependent methyltransferase.
著者: Doukov, T. / Seravalli, J. / Stezowski, J.J. / Ragsdale, S.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Preliminary X-ray Crystallographic Study of Methyltetrahydrofolate: Corrinoid/Iron-Sulfur Protein Methyltransferase from Clostridium thermoaceticum
著者: Doukov, T.I. / Zhao, S. / Ross II, C.R. / Roberts, D.L. / Kim, J.J. / Ragsdale, S.W. / Stezowski, J.J.
#2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1994
タイトル: The Reductive Acetyl Coenzyme A Pathway: Sequence and Heterologous Expression of Active Methyltetrahydrofolate:Corrinoid/Iron-Sulfur Protein Methyltransferase from Clostridium thermoaceticum
著者: Roberts, D.L. / Zhao, S. / Doukov, T. / Ragsdale, S.W.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Binding of (6R,S)-Methyltetrahydrofolate to Methyltransferase from Clostridium thermoaceticum: Role of Protonation of Methyltetrahydrofolate in the Mechanism of Methyl Transfer
著者: Seravalli, J. / Shoemaker, R.K. / Sudbeck, M.L. / Ragsdale, S.W.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Mechanism of Transfer of the Methyl Group from (6S)-Methyltetrahydrofolate to the Corrinoid/Iron-Sulfur Protein Catalyzed by the Methyltransferase from Clostridium thermoaceticum: A Key ...タイトル: Mechanism of Transfer of the Methyl Group from (6S)-Methyltetrahydrofolate to the Corrinoid/Iron-Sulfur Protein Catalyzed by the Methyltransferase from Clostridium thermoaceticum: A Key Step in the Wood-Ljungdahl Pathway of Acetyl-CoA Synthesis
著者: Seravalli, J. / Zhao, S. / Ragsdale, S.W.
履歴
登録2000年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE CORRINOID/IRON SULFUR PROTEIN METHYLTRANSFERASE
B: 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE CORRINOID/IRON SULFUR PROTEIN METHYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3402
ポリマ－57,3402
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.000, 89.412, 115.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE CORRINOID/IRON SULFUR PROTEIN METHYLTRANSFERASE


分子量: 28670.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
株: ATCC 39073 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46389
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9-15% PEGmme 5000, 20% Glycerol, 50 mM HEPES pH 7.5, 20-50 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 52 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mMdithiothreitol1drop
250 mMTris1drop
310 mM1dropNaCl
420 mg/mlprotein1drop
59-15 %(w/v)PEGmme50001reservoir
620-50 mM1reservoirCaCl2
720 %glycerol1reservoir
850 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→7 Å / Num. all: 34455 / Num. obs: 28189 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.2→7 Å / Num. parameters: 1650 / Num. restraintsaints: 1601 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 291 10 %Thin sliced (SHELX97)
Rwork0.2012 ---
all0.209 34455 --
obs0.206 28189 81.8 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4125
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3940 0 0 185 4125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.2306 / Rfactor Rwork: 0.2064
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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