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- PDB-1f6c: CRYSTAL STRUCTURE OF THE B-DNA HEXAMER GGCGCC WITH SPERMINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f6c
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE B-DNA HEXAMER GGCGCC WITH SPERMINE
要素DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
キーワードDNA / B-DNA / E-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Vargason, J.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The extended and eccentric E-DNA structure induced by cytosine methylation or bromination.
著者: Vargason, J.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S.
履歴
登録2000年6月21日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4567
ポリマ－9,0515
非ポリマー4052
水28816
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6202
ポリマ－3,6202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8233
ポリマ－3,6202
非ポリマー2021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8233
ポリマ－3,6202
非ポリマー2021
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.500, 71.500, 59.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MGCL2, SPERMINE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2SPERMINE11
3MGCL211
4MGCL212
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.7 mMDNA1drop
225 mMsodium cacodylate1drop
30.8 mM1dropMgCl2
40.75 mMspermine-tetrahydrochloride1drop
515 %(v/v)MPD1reservoir
625 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→500 Å / Num. all: 4526 / Num. obs: 4526 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 32859
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
詳細: ANISOTROPIC B VALUES WERE APPLIED TO FCALC DURING REFINEMENT IN ORDER TO SCALE FCALC TO FOBS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 447 10.4 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.233 4316 --
obs0.232 4304 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.9024 Å20 Å20 Å2
2---9.9024 Å20 Å2
3---19.8048 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 600 21 16 637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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