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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5z | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE: CRYSTAL FORM I | ||||||
要素 | N-ACETYLNEURAMINATE LYASE | ||||||
キーワード | LYASE / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Lawrence, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Active site modulation in the N-acetylneuraminate lyase sub-family as revealed by the structure of the inhibitor-complexed Haemophilus influenzae enzyme. 著者: Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Ooi, H.C. / Marcuccio, S.M. / Campi, E.M. / Jackson, W.R. / Brossmer, R. / Sommer, M. / Lawrence, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f5z.cif.gz | 243.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f5z.ent.gz | 197.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f5z_validation.pdf.gz | 387.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f5z_full_validation.pdf.gz | 404 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f5z_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f5z_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer from chains A, B, C and D. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32561.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) プラスミド: PKKTAC (VTT BIOTECH, FINLAND) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44539, N-acetylneuraminate lyase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris-HCl, PEG 4000, NaOAc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→20 Å / Num. all: 101661 / Num. obs: 75195 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Num. unique all: 4989 / % possible all: 45 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 208047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 45 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.88→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 72516 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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