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万見
- PDB-1f5u: SOLUTION STRUCTURE OF THE KISSING DIMER OF H3 GACG STEM-LOOP IN T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5u
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE KISSING DIMER OF H3 GACG STEM-LOOP IN THE 5'-END DIMERIZATION SIGNAL OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS GENOMIC RNA
要素RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*CP*C)-3')
キーワードRNA / Retrovirus / Moloney murine leukemia virus / dimerization / tetraloop / stem-loop / kissing dimer
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kim, C.-H. / Tinoco Jr., I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: A retroviral RNA kissing complex containing only two G.C base pairs.
著者: Kim, C.H. / Tinoco Jr., I.
履歴
登録2000年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6052
ポリマ－11,6052
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 19averaged and energy-minimized structure based on 19 converged structures
代表モデルモデル #1averaged and energy-minimized structure based on 19 converged structures

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5802.522 Da / 分子数: 2 / 断片: 18 MER RNA SEQUENCE MIMICKING H3 GACG STEM-LOOP / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Moloney murine leukemia virus

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
2322D NOESY
242DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM RNA sample, 10mM Sodium phosphate buffer pH 6.5, 100mM Sodium Chloride, 0.1 mM EDTA90% H2O/10% D2O
22 mM RNA sample, 10mM Sodium phosphate buffer pH 6.5, 100mM Sodium Chloride, 0.1 mM EDTA99.96 % D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM NaCl 6.5ambient 293 K
2100mM NaCl 6.5ambient 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR910901Brukercollection
XwinNMRBrukercollection
Felix95データ解析
X-PLOR3.1Axel Brunger構造決定
X-PLOR3.1Axel Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 852 restraints, 528 NOE-derived distance constraints, 324 dihedral constraints
代表構造選択基準: averaged and energy-minimized structure based on 19 converged structures
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: averaged and energy-minimized structure based on 19 converged structures
計算したコンフォーマーの数: 19 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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