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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII | ||||||
![]() | PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE (PSP) | ||||||
![]() | HYDROLASE / NAD(P)-binding Rossmann fold / four helix bundle / beta-hair pin / HAD family hydrolase / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of phosphoserine phosphatase from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile, at 1.8 A resolution. 著者: Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23634.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MJ1594 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 22% PEG 200 MME, 0.2M sodium phosphate, 0.1M Acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91165 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 75372 / Num. obs: 71908 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 24 / Observed criterion σ(I): 48 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Num. unique all: 2219 / % possible all: 78.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.2 % / Num. unique obs: 2219 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.198 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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