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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5r | ||||||
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タイトル | RAT TRYPSINOGEN MUTANT COMPLEXED WITH BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / TRYPSIN PRECURSOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / Neutrophil degranulation ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / Neutrophil degranulation / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / collagen catabolic process / trypsin / serine protease inhibitor complex / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pasternak, A. / White, A. / Cahoon, M. / Ringe, D. / Hedstrom, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The energetic cost of induced fit catalysis: Crystal structures of trypsinogen mutants with enhanced activity and inhibitor affinity. 著者: Pasternak, A. / White, A. / Jeffery, C.J. / Medina, N. / Cahoon, M. / Ringe, D. / Hedstrom, L. #1: ![]() タイトル: Comparison of Anionic and Cationic Trypsinogens: the Anionic Activation Domain is More Flexible in Solution and Differs in its Mode of BPTI Binding in the Crystal Structure 著者: Pasternak, A. / Ringe, D. / Hedstrom, L. #2: ![]() タイトル: Activating a Zymogen Without Proteolytic Processing: Mutation of Lys15 and Asn194 Activates Trypsinogen. 著者: Pasternak, A. / Liu, X. / Lin, T.-Y. / Hedstrom, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24736.742 Da / 分子数: 1 / 変異: DELTA-I16-V17, Q156K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7337.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG 3380, 300 mM Ammonium acetate, 100 mM Sodium acetate, , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→21.69 Å / Num. all: 35860 / Num. obs: 195481 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.45 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique all: 1494 / % possible all: 80.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 35860 / Num. measured all: 195481 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→21.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.0572 Å2 / ksol: 0.340608 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→21.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.315 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.313 |