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万見
- PDB-1f4v: CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4v
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM
要素
  • CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
  • FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / peptide-protein complex / bacterial signal transduction / BeF3
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / positive chemotaxis / acetyltransferase activity / cytoskeletal motor activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chemotaxis protein CheY / Flagellar motor switch protein FliM / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Lee, S.Y. / Cho, H.S. / Pelton, J.G. / Yan, D. / Henderson, R.K. / King, D. / Huang, L.S. / Kustu, S. / Berry, E.A. / Wemmer, D.E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an activated response regulator bound to its target.
著者: Lee, S.Y. / Cho, H.S. / Pelton, J.G. / Yan, D. / Henderson, R.K. / King, D.S. / Huang, L. / Kustu, S. / Berry, E.A. / Wemmer, D.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: NMR Structure of Activated CheY
著者: Cho, H.S. / Lee, S.Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Beryllofluoride Mimics Phosphorylation of NtrC and other Bacterial Response Regulators
著者: Yan, D. / Cho, H.S. / Hastings, C.A. / Igo, M.M. / Lee, S.Y. / Pelton, J.G. / Stewart, V. / Wemmer, D.E. / Kustu, S.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli CheY Refined at 1.7-A Resolution
著者: Volz, K. / Matsumura, P.
履歴
登録2000年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
B: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
C: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
D: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
E: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
F: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,46814
ポリマ－47,0136
非ポリマー4558
水5,044280
1
A: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
D: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8535
ポリマ－15,6712
非ポリマー1823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
2
B: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
E: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8535
ポリマ－15,6712
非ポリマー1823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
3
C: CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN
F: FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7614
ポリマ－15,6712
非ポリマー902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.232, 54.233, 347.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS CHEY PROTEIN


分子量: 13981.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN / FLIM


分子量: 1689.884 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-TERMINUS / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06974

-
非ポリマー , 4種, 288分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.6 Mammonium sulfate1reservoir
210 %(v/v)glycerol1reservoir
3100 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンALS 5.0.211.2
シンクロトロンSSRL BL1-520.9799
シンクロトロンSSRL BL1-530.9796
シンクロトロンSSRL BL1-540.9253
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41IMAGE PLATE1999年10月15日
FUJI2IMAGE PLATE2000年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
20.97991
30.97961
40.92531
反射解像度: 2.2→24.7 Å / Num. all: 121390 / Num. obs: 28982 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Num. unique all: 1314 / % possible all: 84.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 121390 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.22→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1216673.62 / Data cutoff high rms absF: 1216673.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1442 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.2189 28857 --
obs0.2189 28623 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å21.96 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 27 280 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.052.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 231 5.3 %
Rwork0.316 4087 -
obs--84.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2GOL_PAR
X-RAY DIFFRACTION3SO4_PAR
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.RCV
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 55.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.376 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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