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- PDB-1f4k: CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • REPLICATION TERMINATION PROTEIN
キーワードREPLICATION/DNA / winged-helix protein-DNA complex / REPLICATION AND TERMINATION / FORK ARREST MECHANISM / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication terminator protein / Replication terminator protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication termination protein / Replication termination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wilce, J.A. / Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Otting, G. / Folmer, R.H.A. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the RTP-DNA complex and the mechanism of polar replication fork arrest
著者: Wilce, J.A. / Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Otting, G. / Folmer, R.H. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C.
履歴
登録2000年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
A: REPLICATION TERMINATION PROTEIN
B: REPLICATION TERMINATION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9444
ポリマ－41,9444
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.780, 44.780, 395.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221
詳細The whole biological assembly is contained in the asymmetric unit. It comprises a homodimer constructed from chain A and B bound to double stranded DNA (chains D and E).

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 6445.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PSEUDOSYMMETRIC B-SITE OF THE TERI SEQUENCE OF B. SUBTILIS
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 6436.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PSEUDOSYMMETRIC B-SITE OF THE TERI SEQUENCE OF B. SUBTILIS
#3: タンパク質 REPLICATION TERMINATION PROTEIN / REPLICATION TERMINATOR PROTEIN


分子量: 14531.099 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2PEG 400011
3PEG 400012
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12-7 %(w/v)PEG40001reservoir
20.075-0.100 Msodium acetate1reservoir
31

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15166 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / % possible all: 54.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 15166 / Num. measured all: 147110
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: protein_rep.param, dna-rna_rep.param, water_rep.param
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2759 1509 10 %random
Rwork0.2279 ---
all0.271 15166 --
obs0.271 15166 87.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.784 Å2-6.708 Å20 Å2
2---7.784 Å20 Å2
3---15.569 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 855 0 96 2873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009658
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72021
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / Rfactor Rfree: 0.381 / Rfactor obs: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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