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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f4k | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / winged-helix protein-DNA complex / REPLICATION AND TERMINATION / FORK ARREST MECHANISM / REPLICATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wilce, J.A. / Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Otting, G. / Folmer, R.H.A. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of the RTP-DNA complex and the mechanism of polar replication fork arrest 著者: Wilce, J.A. / Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Otting, G. / Folmer, R.H. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f4k.cif.gz | 84.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f4k.ent.gz | 61.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f4k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f4k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The whole biological assembly is contained in the asymmetric unit. It comprises a homodimer constructed from chain A and B bound to double stranded DNA (chains D and E). |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6445.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: PSEUDOSYMMETRIC B-SITE OF THE TERI SEQUENCE OF B. SUBTILIS | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6436.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: PSEUDOSYMMETRIC B-SITE OF THE TERI SEQUENCE OF B. SUBTILIS | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 14531.099 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15166 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / % possible all: 54.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 15166 / Num. measured all: 147110 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: protein_rep.param, dna-rna_rep.param, water_rep.param
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.232 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / Rfactor Rfree: 0.381 / Rfactor obs: 0.301 |