PDB-1f3k: THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN TXVII, AN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1f3k

タイトル

THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN TXVII, AN L-TYPE CALCIUM CHANNEL BLOCKER

要素

OMEGA-CONOTOXIN TXVII

キーワード

TOXIN / OMEGA-CONOTOXIN / CYSTINE KNOT MOTIF / TRIPLE-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET / L-TYPE CALCIUM CHANNEL BLOCKER

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Kobayashi, K. / Sasaki, T. / Sato, K. / Kohno, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional solution structure of omega-conotoxin TxVII, an L-type calcium channel blocker.
著者: Kobayashi, K. / Sasaki, T. / Sato, K. / Kohno, T.

履歴

登録	2000年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1f3k.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1f3k.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1f3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1f3k_validation.pdf.gz	337.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1f3k_full_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示
XML形式データ	1f3k_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	1f3k_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mvi-d 1omc-d 1sx1-d 5o0z-d 1yz2-d 2mlj-d 2lwb-d 1ans-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA-CONOTOXIN TXVII

2.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA-CONOTOXIN TXVII 分子量: 2841.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide naturally occurs in Conus textile. 参照: UniProt: P56714

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	2	2D NOESY
1	5	2	DQF-COSY
1	6	2	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5mM omega-conotoxin TxVII	90% H2O/10% D2O
2	5mM omega-conotoxin TxVII	D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 288 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	970101.2	Bruker	collection
UXNMR	970101.2	Bruker	解析
UXNMR	970101.2	Bruker	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 452 restraints, 411 are NOE-derived distance constraints, 20 dihedral angle restraints, 21 distance restraints from hydrogen bonds and disulfide bonds.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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