PDB-1f34: CRYSTAL STRUCTURE OF ASCARIS PEPSIN INHIBITOR-3 BOUND TO PORCINE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1f34

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ASCARIS PEPSIN INHIBITOR-3 BOUND TO PORCINE PEPSIN

要素

MAJOR PEPSIN INHIBITOR PI-3
PEPSIN A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / proteinase-inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Surfactant metabolism / pepsin A / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Petersen, J.F. / Cherney, M.M. / Garen, C. / James, M.N.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the inhibition of porcine pepsin by Ascaris pepsin inhibitor-3.
著者: Ng, K.K. / Petersen, J.F. / Cherney, M.M. / Garen, C. / Zalatoris, J.J. / Rao-Naik, C. / Dunn, B.M. / Martzen, M.R. / Peanasky, R.J. / James, M.N.

履歴

登録	2000年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1f34.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1f34.ent.gz	79.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1f34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1f34_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1f34_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	1f34_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	1f34_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f32C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xh0-d 6tho-d 4r0v-1 1wo2-d 6ry4-d 5h06-3 5h05-3 4gqr-d 1nbf-1 5h05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PEPSIN A

B: MAJOR PEPSIN INHIBITOR PI-3

ヘテロ分子

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.374, 97.593, 136.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-381- HOH

#1: タンパク質	PEPSIN A 分子量: 34593.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: STOMACH / 参照: UniProt: P00791, pepsin A
#2: タンパク質	MAJOR PEPSIN INHIBITOR PI-3 分子量: 16411.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: PET-3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19400
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.29 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: PEG 4000, sodium phosphate, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	12 mg/ml	porcine pepsin	1	drop
2	5.8 mg/ml	PI-3	1	drop
3	6 %(w/v)	PEG4000	1	drop
4	25 mM	sodium phosphate	1	drop
5	12 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
6	50 mM	sodium phosphate	1	reservoir
7	15 %(v/v)	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 16263 / Num. obs: 16263 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 2.45→2.48 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Num. unique all: 442 / % possible all: 78.6
反射	PLUS Num. measured all*: 116274
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.9 % / Num. unique obs: 832 / Num. measured obs: 5733 / Mean I/σ(I) obs*: 5.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

解像度: 2.45→18.66 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2111863.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1629	10 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.218	16263	99.4 %	-
all	-	16263	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 34.98 Å² / k_sol: 0.303 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.33 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.43 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.42 Å	0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→18.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3507	0	0	110	3617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.87
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.89	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.05	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.73	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.72	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.6 Å / R_factor R_free error: 0.023 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	263	9.9 %
R_work	0.276	2396	-
obs	-	-	98.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP_SEP.PARAM	PROTEIN_SEP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.29

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 41.7 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.87
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.89	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.73	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.05	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.72	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.366 / % reflection R_free: 9.9 % / R_factor R_work: 0.276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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