+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f31 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM NEUROTOXIN B COMPLEXED WITH A TRISACCHARIDE | |||||||||
![]() | BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B | |||||||||
![]() | TOXIN / botulinum / zinc / metalloprotease / transmembrane / neurotoxin / complex / ganglioside | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B. 著者: Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Clostridium botulinum Neurotoxin Type B 著者: Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 215.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 496.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 150833.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 47458 / Num. obs: 47458 / % possible obs: 67 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 12.9 |
反射 | *PLUS |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 開始モデル: 1EPW 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor all: 0.214 / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.27 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|