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- PDB-1f2v: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PRECORRIN-8X METHYLMUTASE OF AEROBI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2v
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PRECORRIN-8X METHYLMUTASE OF AEROBIC VITAMIN B12 SYNTHESIS
要素PRECORRIN-8X METHYLMUTASE
キーワードISOMERASE / alpha-beta wind / doubly wound sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cobalamin biosynthesis CobH/CbiC, precorrin-8X methylmutase / Cobalamin biosynthesis precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC / Precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC superfamily / Precorrin-8X methylmutase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Precorrin-8X methylmutase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of precorrin-8x methyl mutase.
著者: Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2181
ポリマ－23,2181
非ポリマー00
水3,963220
1
A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE

A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4352
ポリマ－46,4352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.100, 36.600, 60.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A and symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 PRECORRIN-8X METHYLMUTASE / COBH


分子量: 23217.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas denitrificans (バクテリア)
プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21638, precorrin-8X methylmutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
225-32.5 %PEG40001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 10108 / Num. obs: 8066 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→20 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 26519
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 598 RANDOM
Rwork0.183 --
all0.183 10108 -
obs0.187 8066 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 220 1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33428
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00603
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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