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万見
- PDB-1f2i: COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2i
タイトルCOCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
  • FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / zinc finger (ジンクフィンガー) / dimer / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / cooperativity / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to mycophenolic acid / cellular response to heparin / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to mycophenolic acid / cellular response to heparin / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / hemi-methylated DNA-binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / : / positive regulation of smooth muscle cell migration / skeletal muscle cell differentiation / locomotor rhythm / T cell differentiation / estrous cycle / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / long-term memory / response to glucose / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / circadian regulation of gene expression / response to insulin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wang, B.S. / Grant, R.A. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Selected peptide extension contacts hydrophobic patch on neighboring zinc finger and mediates dimerization on DNA.
著者: Wang, B.S. / Grant, R.A. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Dimerization of zinc fingers mediated by peptides evolved in vitro from random sequences
著者: Wang, B.S. / Pabo, C.O.
履歴
登録2000年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
G: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
H: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
I: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
J: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
K: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
L: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,17524
ポリマ－78,39012
非ポリマー78512
水5,747319
1
A: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
G: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
H: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3928
ポリマ－26,1304
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
I: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
J: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3928
ポリマ－26,1304
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'
K: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
L: FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3928
ポリマ－26,1304
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.300, 86.300, 133.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP31
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chains A, B, G, and H / The biological assembly is a dimer constructed from chains C, D, I, and J / The biological assembly is a dimer constructed from chains E, F, K, and L

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*T)-3'


分子量: 4281.780 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
FUSION OF N-TERMINAL 17-MER PEPTIDE EXTENSION TO ZIF12 / EARLY GROWTH RESPONSE 1 / EGR-1 / KROX-24 PROTEIN / ZIF268


分子量: 8783.174 Da / 分子数: 6 / Fragment: ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: GENE FOR ZIF12 / プラスミド: PET-21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08046
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, NaCl, MgCl2, MES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl塩化ナトリウム11
2MgCl211
3MES11
4PEG 400011
5PEG 400012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.1 mMprotein1drop
21.5 mMDNA1dropduplex
30.4 M1dropNaCl
413-20 %(w/v)PEG40001reservoir
550-150 mM1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
750 mMMES1reservoirpH6.2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11251
21251
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X4A21.0093
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE1999年5月23日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.00931
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 45864 / Num. obs: 45805 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Num. unique all: 4571 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 191628
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.35→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3849 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.25 46014 --
obs0.215 38060 82.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 1704 12 319 5329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.16
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.810.75
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.51
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.631
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.031.25
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 528 11 %
Rwork0.331 4274 -
obs--62.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.362 / % reflection Rfree: 11 % / Rfactor Rwork: 0.331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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