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万見
- PDB-1f27: CRYSTAL STRUCTURE OF A BIOTIN-BINDING RNA PSEUDOKNOT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f27
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BIOTIN-BINDING RNA PSEUDOKNOT
要素
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*CP*CP*GP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*U)-3')
キーワードRNA / RNA APTAMER / PSEUDOKNOT / BIOTIN-BINDING RNA
機能・相同性BIOTIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Nix, J. / Sussman, D. / Wilson, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.3 A crystal structure of a biotin-binding pseudoknot and the basis for RNA molecular recognition.
著者: Nix, J. / Sussman, D. / Wilson, C.
履歴
登録2000年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*GP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9819
ポリマ－9,5912
非ポリマー3907
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.59, 30.96, 62.11
Angle α, β, γ (deg.)90, 111.88, 90
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-197-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*CP*GP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*UP*U)-3')


分子量: 6116.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM IN VITRO SELECTION EXPERIMENT
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*UP*C)-3')


分子量: 3474.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA BIOTIN-BINDING APTAMER
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: MPD, POTASIUM HEPES, MGCL2, KCL, BIOTIN, SPERMINE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1POTASIUM HEPES11
2MGCL211
3KCL11
4BIOTIN11
5SPERMINE11
6MPD11
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mg/mlRNA1drop
23.3 %MPD1drop
313.3 mMpotassium caodylate1drop
46.6 mMpotassium HEPES1drop
50.1 mMspermine1drop
63.5 mM1dropMgCl2
73.5 mMbiotin1drop
822.5 %MPD1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンALS 5.0.210.97186, 0.97954, 0.97969, 0.98743
シンクロトロンALS 5.0.220.965
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1998年9月20日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年3月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971861
20.979541
30.979691
40.987431
50.9651
反射解像度: 1.3→18 Å / Num. all: 20852 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.3→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 66.4
反射
*PLUS
Num. obs: 20852 / Num. measured all: 130824
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.3→17.18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1797 8.6 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 20852 91.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→17.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 634 22 184 840
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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