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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f1x | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HOMOPROTOCATECHUATE 2,3-DIOXYGENASE FROM BREVIBACTERIUM FUSCUM | ||||||
![]() | HOMOPROTOCATECHUATE 2,3-DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Extradiol / Iron / Biodegradation / Aromatic | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Lipscomb, J.D. / Wackett, L.P. / Que Jr., L. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic comparison of manganese- and iron-dependent homoprotocatechuate 2,3-dioxygenases. 著者: Vetting, M.W. / Wackett, L.P. / Que Jr., L. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. #1: ![]() タイトル: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase from Brevibacterium fuscum. A Dioxygenase with Catalase Activity. 著者: Miller, M.A. / Lipscomb, J.D. #2: ![]() タイトル: Cloning, overexpression, and mutagenesis of the gene for homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase from Brevibacterium fuscum. 著者: Wang, Y.Z. / Lipscomb, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 285.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer. There is a tetramer per asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37161.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q45135, 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FEL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch crystallization / pH: 7.5 詳細: Peg5000, Mg Acetate, MOPS, Glycerol was add prior to data collection., pH 7.5, Batch crystallization, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.032 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 234020 / Num. obs: 216266 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Num. unique all: 19027 / % possible all: 81.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 1.51 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.187 |