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- PDB-1f16: SOLUTION STRUCTURE OF A PRO-APOPTOTIC PROTEIN BAX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f16
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A PRO-APOPTOTIC PROTEIN BAX
要素PROTEIN (APOPTOSIS REGULATOR BAX, MEMBRANE ISOFORM ALPHA)
キーワードAPOPTOSIS / HELICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / epithelial cell apoptotic process / myeloid cell homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / pore complex / hypothalamus development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / odontogenesis of dentin-containing tooth / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / BH3 domain binding / vagina development / negative regulation of mitochondrial membrane potential / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of protein binding / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / Hsp70 protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / homeostasis of number of cells within a tissue / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / neuron migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / nuclear envelope / positive regulation of neuron apoptotic process / retina development in camera-type eye / channel activity / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Suzuki, M. / Youle, R.J. / Tjandra, N.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structure of Bax: coregulation of dimer formation and intracellular localization.
著者: Suzuki, M. / Youle, R.J. / Tjandra, N.
履歴
登録2000年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (APOPTOSIS REGULATOR BAX, MEMBRANE ISOFORM ALPHA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2041
ポリマ－21,2041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (APOPTOSIS REGULATOR BAX, MEMBRANE ISOFORM ALPHA)


分子量: 21204.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C/15N-SEPARATED NOESY
1214D 13C-SEPARATED NOESY
1313D 15N-SEPARATED NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. EXPERIMENTAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS WERE USED IN STRUCTURE DETERMINATION.

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試料調製

詳細内容: 1MM BAX U-15N,13C; 10mM TRIS-ACETATE PH 6.0 2MM DTT
試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 305.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84BRUNGER精密化
NMRPIPE 1.7 REV1999.039.11.31構造決定
PIPP4.1.5構造決定
UXNMR2.5構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS BASED ON 2426 NOE RESTRAINTS, 123 DIHEDRAL, 178 HYDROGEN BONDS, 575 DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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