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- PDB-1f10: CRYSTAL STRUCTURE OF ORTHORHOMBIC LYSOZYME GROWN AT PH 6.5 AT 88%... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f10
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ORTHORHOMBIC LYSOZYME GROWN AT PH 6.5 AT 88% RELATIVE HUMIDITY
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / ENZYME-ORTHORHOMBIC FORM / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE / HEN EGG-WHITE LYSOZYME / LOW HUMIDITY
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Biswal, B.K. / Sukumar, N. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
著者: Biswal, B.K. / Sukumar, N. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content
著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structures of Orthorhombic Lysozyme Grown at Basic pH and its Low-Humidity Variant
著者: Sukumar, N. / Biswal, B.K. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences
著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M.
履歴
登録2000年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.584, 55.859, 68.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / Tissue fraction: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38.5 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
35 %(w/v)1dropNaCl
520 %(w/v)1reservoirNaCl
2phosphate1drop
4phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 13459 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 54245
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 2083

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: ORTHORHOMBIC LYSOZYME AT PH 6.5

解像度: 1.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1059 10 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 10564 78.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 126 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 114 10.4 %
Rwork0.414 978 -
obs--50 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WAT.PARWAT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.486 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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