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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f0f | ||||||
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タイトル | Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) gig deletion modification in dodecylphosphocholine micelles | ||||||
要素 | CECROPIN A-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE | ||||||
キーワード | ANTITUMOR PROTEIN / Helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of defense response to virus / defense response to fungus / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / Distance Geometry-Dynamical Simulated Annealing Hybrid Method | ||||||
データ登録者 | Oh, D. / Shin, S.Y. / Lee, S. / Kim, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Role of the hinge region and the tryptophan residue in the synthetic antimicrobial peptides, cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) and its analogues, on their antibiotic activities and structures. 著者: Oh, D. / Shin, S.Y. / Lee, S. / Kang, J.H. / Kim, S.D. / Ryu, P.D. / Hahm, K.S. / Kim, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f0f.cif.gz | 121.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f0f.ent.gz | 95.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f0f_validation.pdf.gz | 344.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f0f_full_validation.pdf.gz | 440.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f0f_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f0f_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/1f0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/1f0f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2183.789 Da / 分子数: 1 / 変異: GIG DELETION IN MAGAININ SEGMENT / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE FOR THIS PEPTIDE IS A HYBRID OF SEQUENCES WHICH OCCUR NATURALLY IN HYALOPHORA CECROPIA (CECROPIA MOTH) AND XENOPUS LAEVIS (AFRICAN CLAWED FROG) 参照: UniProt: P01507, UniProt: P11006 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 4.29 / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 400 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Brunger, A.T. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: Distance Geometry-Dynamical Simulated Annealing Hybrid Method ソフトェア番号: 1 |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |