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- PDB-1ezw: STRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ezw
タイトルSTRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE FROM METHANOPYRUS KANDLERI
要素COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / (beta / alpha)8 barrel / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / coenzyme F420-dependent N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin reductase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shima, S. / Warkentin, E. / Grabarse, W. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of coenzyme F(420) dependent methylenetetrahydromethanopterin reductase from two methanogenic archaea.
著者: Shima, S. / Warkentin, E. / Grabarse, W. / Sordel, M. / Wicke, M. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
履歴
登録2000年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,5511
非ポリマー602
水3,963220
1
A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,44212
ポリマ－150,2034
非ポリマー2398
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.200, 144.100, 152.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

MG

21A-362-

CL

31A-401-

HOH

詳細The biological assembly is a homodimer or a dimer of dimers, i.e., a tetramer generated by the 222 axes

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要素

#1: タンパク質 COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE


分子量: 37550.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TXY4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, HEPES, Mg(ac)2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
328 %PEG4001reservoir
40.1 MHEPES1reservoir
50.38 M1reservoirMgAc2
2MOPS-KOH1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 58481 / Num. obs: 58481 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.65→1.67 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Num. unique all: 2004 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.65→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3491786.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2963 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.198 58481 --
obs0.198 58481 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.28 Å20 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3---4.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2621 0 2 220 2843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 467 4.8 %
Rwork0.266 9265 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.292 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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