PDB-1eze: STRUCTURAL STUDIES OF A BABOON (PAPIO SP.) PLASMA PROTEIN INHIBIT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eze

タイトル

STRUCTURAL STUDIES OF A BABOON (PAPIO SP.) PLASMA PROTEIN INHIBITOR OF CHOLESTERYL ESTER TRANSFERASE.

要素

CHOLESTERYL ESTER TRANSFERASE INHIBITOR PROTEIN

キーワード

TRANSFERASE INHIBITOR / amphipathic helix

機能・相同性

Apolipoprotein C-I / Apolipoprotein C-I domain superfamily / Apolipoprotein C-I (ApoC-1) / lipoprotein metabolic process / lipid transport / extracellular region / Apolipoprotein C-I, basic form

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Buchko, G.W. / Rozek, A. / Kanda, P. / Kennedy, M.A. / Cushley, R.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structural studies of a baboon (Papio sp.) plasma protein inhibitor of cholesteryl ester transferase.
著者: Buchko, G.W. / Rozek, A. / Kanda, P. / Kennedy, M.A. / Cushley, R.J.

履歴

登録	2000年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eze.cif.gz	224 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eze.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eze_validation.pdf.gz	359 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eze_full_validation.pdf.gz	499.3 KB	表示
XML形式データ	1eze_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	1eze_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1eze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1eze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2obu-d 6xcu-d 1opp-d 1iyt-d 1f8p-d 1bzb-d 1mof-d 6oq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CHOLESTERYL ESTER TRANSFERASE INHIBITOR PROTEIN

4.28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 25	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #18	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	CHOLESTERYL ESTER TRANSFERASE INHIBITOR PROTEIN / CETIP / APOLIPOPROTEIN C-I / APO-C1 分子量: 4282.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN BABOONS (PAPIO SP.) 参照: UniProt: P34929

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 280 mM SDS-d25, pH 4.9 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 280 mM SDS / pH: 4.9 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	v.3.1	Brunger	構造決定
X-PLOR	v.3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: Distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: initial rounds of iteration where done with DGII. Final stages where done with XPLOR

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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