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万見
- PDB-1ez4: CRYSTAL STRUCTURE OF NON-ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ez4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NON-ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM LACTOBACILLUS PENTOSUS AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION
要素LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus pentosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Wakagi, T. / Konno, M. / Taguchi, H. / Matsuzawa, H.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of non-allosteric L-lactate dehydrogenase from Lactobacillus pentosus at 2.3 A resolution: specific interactions at subunit interfaces.
著者: Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Wakagi, T. / Konno, M. / Taguchi, H. / Matsuzawa, H.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992
タイトル: Unusual Amino Acid Substitution in the Anion-binding Site of Lactobacillus plantarum Non-allosteric L-lactate Dehydrogenase
著者: Taguchi, H. / Ohta, T.
履歴
登録2000年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTATE DEHYDROGENASE
B: LACTATE DEHYDROGENASE
C: LACTATE DEHYDROGENASE
D: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8048
ポリマ－136,1504
非ポリマー2,6544
水14,142785
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19170 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
2
A: LACTATE DEHYDROGENASE
B: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

C: LACTATE DEHYDROGENASE
D: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8048
ポリマ－136,1504
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area14600 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area44080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.351, 145.544, 111.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A-D. The symmetry partners have three two-fold axes in total.

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要素

#1: タンパク質
LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 34037.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus pentosus (バクテリア)
プラスミド: PEXLP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56511, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, NADH, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMacetate/NaOH1reservoir
21.2 Mammonium sulfate1reservoir
31 mMNADH1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器
タイプID検出器日付
WEISSENBERG1DIFFRACTOMETER1998年3月7日
21998年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 123693 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Num. unique all: 286006 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 1078131 / Rmerge(I) obs: 0.125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→80 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR 3.851 param19.pro / 詳細: bulk solvent correction
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.241 6181 RANDOM
Rwork0.205 --
all-105490 -
obs-123624 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9392 0 176 785 10353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.692
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 80 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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