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- PDB-1eyl: STRUCTURE OF A RECOMBINANT WINGED BEAN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyl
タイトルSTRUCTURE OF A RECOMBINANT WINGED BEAN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / BETA TREFOIL
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dattagupta, J.K. / Chakrabarti, C. / Ravichandran, S. / Ghosh, S.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2001
タイトル: The role of Asn14 in the stability and conformation of the reactive-site loop of winged bean chymotrypsin inhibitor: crystal structures of two point mutants Asn14-->Lys and Asn14-->Asp.
著者: Ravichandran, S. / Dasgupta, J. / Chakrabarti, C. / Ghosh, S. / Singh, M. / Dattagupta, J.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Cryocrystallography of a Kunitz-type serine protease inhibitor: the 90 K structure of winged bean chymotrypsin inhibitor (WCI) at 2.13 A resolution
著者: Ravichandran, S. / Sen, U. / Chakrabarti, C. / Dattagupta, J.K.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Refined Crystal Structure (2.3 A) of a Double-Headed Winged Bean alpha-Chymotrypsin Inhibitor and Location of Its Second Reactive Site
著者: Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Mukhopadhyay, D. / Dutta, S.K. / Singh, M.
#3: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997
タイトル: cDNA Cloning, Expression, and Rapid Purification of a Kunitz-Type Winged Bean Chymotrypsin Inhibitor
著者: Ghosh, S. / Singh, M.
履歴
登録2000年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1556
ポリマ－20,6741
非ポリマー4805
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子

A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,30912
ポリマ－41,3492
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area3080 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
3
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子

A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,30912
ポリマ－41,3492
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.760, 60.760, 208.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-900-

SO4

21A-501-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer constructed from chain A

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要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR / RWCI-3


分子量: 20674.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
器官: SEED / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10822
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 124633 / Num. obs: 18807 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Num. unique all: 2649 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood (MLK) target function.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1876 -RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.233 18725 --
obs0.233 18701 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1400 0 25 190 1615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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