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万見
- PDB-1ey3: STRUCTURE OF ENOYL-COA HYDRATASE COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE DAC-COA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ey3
タイトルSTRUCTURE OF ENOYL-COA HYDRATASE COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE DAC-COA
要素ENOYL-COA HYDRATASE
キーワードLYASE / BETA-OXIDATION / CROTONASE / ENOYL-COA HYDRATASE / FATTY ACID METABOLISM / BETA-ELIMINATION / SYN-ADDITION / CONCERTED REACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / (2E)-butenoyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity ...Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / (2E)-butenoyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(N,N-DIMETHYLAMINO)CINNAMOYL-COA / Enoyl-CoA hydratase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bahnson, B.J. / Anderson, V.E. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural mechanism of enoyl-CoA hydratase: three atoms from a single water are added in either an E1cb stepwise or concerted fashion.
著者: Bahnson, B.J. / Anderson, V.E. / Petsko, G.A.
履歴
登録2000年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-COA HYDRATASE
B: ENOYL-COA HYDRATASE
C: ENOYL-COA HYDRATASE
D: ENOYL-COA HYDRATASE
E: ENOYL-COA HYDRATASE
F: ENOYL-COA HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,12012
ポリマ－168,4766
非ポリマー5,6446
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41070 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area51090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.748, 145.286, 78.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細6-subunits (A-F) come together as a dimer of trimers, forming a homo-hexamer, which is the biologically active form.

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要素

#1: タンパク質
ENOYL-COA HYDRATASE / CROTONASE


分子量: 28079.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PET20B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14604, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-DAK / 4-(N,N-DIMETHYLAMINO)CINNAMOYL-COA


分子量: 940.745 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H47N8O17P3S
詳細: DAC-CoA was synthesized as described in [D'Ordine et al., (1994) Biochem. 33, 12635]
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 8% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 75 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl, 3 mM sodium azide, 3.5 mM DAC-CoA, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 %PEG40001reservoir
20.1 M1reservoirNaOAc
375 mMsodium phosphate1reservoirpH7.3
43.5 mMprotein1drop
575 mMsodium phosphate1drop
6100 mM1dropNaCl
73 mMsodium azide1droppH7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 275 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. all: 65075 / Num. obs: 65075 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.64 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Num. unique all: 5554 / % possible all: 77.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 1dub

1dub


解像度: 2.3→35 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: protein_rep.param / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 6589 -RANDOM 10%
Rwork0.181 ---
all0.184 65075 --
obs0.184 65075 94.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11790 0 366 486 12642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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