[日本語] English
万見
- PDB-1exn: T5 5'-EXONUCLEASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exn
タイトルT5 5'-EXONUCLEASE
要素5'-EXONUCLEASE
キーワードNUCLEASE (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / EXONUCLEASE (エキソヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Stier, G. / Suck, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: A helical arch allowing single-stranded DNA to thread through T5 5'-exonuclease.
著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Stier, G. / Suck, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies on the D15 5' to 3' Exonuclease from Phage T5
著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Eckstein, F. / Suck, D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Properties of Overexpressed Phage T5 D15 Exonuclease. Similarities with Escherichia Coli DNA Polymerase I 5'-3' Exonuclease
著者: Sayers, J.R. / Eckstein, F.
履歴
登録1997年1月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月11日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-EXONUCLEASE
B: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1902
ポリマ－67,1902
非ポリマー00
水4,071226
1
A: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5951
ポリマ－33,5951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5951
ポリマ－33,5951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.760, 77.760, 134.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 5'-EXONUCLEASE / 5'-NUCLEASE / 5'-3' EXONUCLEASE


分子量: 33595.141 Da / 分子数: 2 / 変異: SEMET LABELLED PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T5 (ファージ)
属: T5-like viruses / 遺伝子: D15 / プラスミド: PDOC55 / 遺伝子 (発現宿主): D15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LE392
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL MET IS REMOVED IN E. COLI. THE GENE SEQUENCE STARTING FROM RESIDUE 1 IS USED AS THE ...THE N-TERMINAL MET IS REMOVED IN E. COLI. THE GENE SEQUENCE STARTING FROM RESIDUE 1 IS USED AS THE NUMBERING SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ceska, T.A., (1993) J.Mol.Biol., 233, 179. / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoir
335 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
425 mMpotassium phosphate1droppH7.5
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
7100 mM1dropKCl
85 %(v/v)glycerol1drop

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BL19 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 26463 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 67552

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUE GLU A 290 IS IN POORLY DEFINED DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 -10 %
Rwork0.227 --
obs0.227 24524 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 0 0 226 4624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る