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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1exn | ||||||
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タイトル | T5 5'-EXONUCLEASE | ||||||
![]() | 5'-EXONUCLEASE | ||||||
![]() | NUCLEASE / HYDROLASE / EXONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Stier, G. / Suck, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A helical arch allowing single-stranded DNA to thread through T5 5'-exonuclease. 著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Stier, G. / Suck, D. #1: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Studies on the D15 5' to 3' Exonuclease from Phage T5 著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Eckstein, F. / Suck, D. #2: ![]() タイトル: Properties of Overexpressed Phage T5 D15 Exonuclease. Similarities with Escherichia Coli DNA Polymerase I 5'-3' Exonuclease 著者: Sayers, J.R. / Eckstein, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 378.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 392 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33595.141 Da / 分子数: 2 / 変異: SEMET LABELLED PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T5-like viruses / 遺伝子: D15 / プラスミド: PDOC55 / 遺伝子 (発現宿主): D15 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced) #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE N-TERMINAL MET IS REMOVED IN E. COLI. THE GENE SEQUENCE STARTING FROM RESIDUE 1 IS USED AS THE ...THE N-TERMINAL MET IS REMOVED IN E. COLI. THE GENE SEQUENCE STARTING FROM RESIDUE 1 IS USED AS THE NUMBERING SEQUENCE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ceska, T.A., (1993) J.Mol.Biol., 233, 179. / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月26日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 26463 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 67552 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUE GLU A 290 IS IN POORLY DEFINED DENSITY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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