[日本語] English
- PDB-1exj: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTIL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPP
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
  • MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER REGULATOR
キーワードTranscription/DNA / Protein-DNA Complex / MerR-family transcription activator / multidrug-binding protein / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / DNA / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zheleznova-Heldwein, E.E. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Nature / : 2001
タイトル: Crystal structure of the transcription activator BmrR bound to DNA and a drug.
著者: Heldwein, E.E. / Brennan, R.G.
履歴
登録2000年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4895
ポリマ-39,0612
非ポリマー4283
905
1
M: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER REGULATOR
ヘテロ分子

M: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,97810
ポリマ-78,1234
非ポリマー8566
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_576x,-y+2,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)109.490, 109.490, 144.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A by generating a two-fold symmetry partner. / The biological assembly is a DNA duplex constructed from chain B by generating a two-fold symmetry partner

-
要素

-
DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 MA

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6440.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER REGULATOR / TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR


分子量: 32621.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39075

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 化合物 ChemComp-P4P / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / テトラフェニルホスホニウム


分子量: 339.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C24H20P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1imidazole11
2imidazole12
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mMprotein1drop
21 %DMSO1drop
31.0-1.2 Mimidazole1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→87.2 Å / Num. obs: 55012 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / % possible all: 65

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
TNT精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
精密化解像度: 3→16 Å / 交差検証法: throughtout / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 802 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs-15978 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 427 27 5 2557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る