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- PDB-1exe: SOLUTION STRUCTURE OF A MUTANT OF TRANSCRIPTION FACTOR 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exe
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A MUTANT OF TRANSCRIPTION FACTOR 1.
要素TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION / beta ribbon arms / DNA-binding / DNA-bending protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPO1 (ファージ)
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Liu, W. / Vu, H.M. / Geiduschek, E.P. / Kearns, D.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of a mutant of transcription factor 1: implications for enhanced DNA binding.
著者: Liu, W. / Vu, H.M. / Geiduschek, E.P. / Kearns, D.R.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2000
タイトル: Mechanisms for the Enhanced Thermal Stability of a Mutant of Transcription Factor 1 as Explained by 1H, 15N and 13C NMR Chemical Shifts and Secondary Structure Analysis.
著者: Vu, H.M. / Liu, W. / Grove, A. / Geiduschek, E.P. / Kearns, D.R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure of the Bacillus subtilis phage SPO1-encoded Type II DNA-binding Protein TF1 in Solution.
著者: Jia, X. / Grove, A. / Ivancic, M. / Hsu, V.L. / Geiduschek, E.P. / Kearns, D.R.
履歴
登録2000年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR 1
B: TRANSCRIPTION FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3852
ポリマ－21,3852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 50structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR 1


分子量: 10692.382 Da / 分子数: 2 / 変異: E15G;T32I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPO1 (ファージ) / 属: SPO1-like viruses / プラスミド: PBTF1X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04445

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
2323D 15N-separated NOESY
3433D 13C-separated NOESY
353HNCA-J

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM TF1-G15/I32, 100 mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
22 mM TF1-G15/I32, U-15N, 100 mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
32 mM TF1-G15/I32, U-15N, 13C, 100 mM Phosphate buffer90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1400 mM NaCl 6.7Ambient 308 K
2400 mM NaCl 6.7Ambient 308 K
3400 mM NaCl 6.7Ambient 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3Brukercollection
Felix97MSI解析
Felix97MSIデータ解析
X-PLOR3Brunger構造決定
X-PLOR3Brunger精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were based on a total of 2008 NOE-derived distance constraints, 288 dihedral angle restraints and 116 H-bond constraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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