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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ex1 | |||||||||
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タイトル | BETA-D-GLUCAN EXOHYDROLASE FROM BARLEY | |||||||||
![]() | PROTEIN (BETA-D-GLUCAN EXOHYDROLASE ISOENZYME EXO1) | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CELL WALL DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Varghese, J.N. / Hrmova, M. / Fincher, G.B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of a barley beta-D-glucan exohydrolase, a family 3 glycosyl hydrolase. 著者: Varghese, J.N. / Hrmova, M. / Fincher, G.B. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Beta-D-Glucan Exohydrolase Isoenzyme Exo1 from Barley (Hordeum Vulgare); a Family 3 Glycosyl Hydrolase 著者: Varghese, J.N. / Hrmova, M. / Hoj, P.B. / Fincher, G.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 901.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 916.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65475.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: THREE GLYCSYLATED SITES AT ASN 221, 498, 600 GLUCOSE BOUND IN PUTATIVE ACTIVE SITE 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: AAD23382, UniProt: Q9XEI3*PLUS, glucan 1,3-beta-glucosidase |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 糖 | ChemComp-GLC / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % 解説: THE SAME CRYSTAL WAS USED TO COLLECT BOTH NATIVE AND PIP DATA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277-279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hrmova, M., (1998) Acta Cryst., D54, 687. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 408526 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 37.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 40310 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Num. measured all: 148526 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 32 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.202 / Num. reflection obs: 1633 / Rfactor obs: 0.202 |