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- PDB-1ewx: Crystal structure of native tryparedoxin I from Crithidia fasciculata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewx
タイトルCrystal structure of native tryparedoxin I from Crithidia fasciculata
要素TRYPAREDOXIN I
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus
類似検索 - 分子機能
TryX and NRX, thioredoxin domain / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crithidia fasciculata (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hofmann, B. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Nogoceke, E. / Montemartini, M. / Singh, M. / Flohe, L. / Hecht, H.J.
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structures of tryparedoxins revealing interaction with trypanothione.
著者: Hofmann, B. / Budde, H. / Bruns, K. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Montemartini, M. / Nogoceke, E. / Steinert, P. / Wissing, J.B. / Flohe, L. / Hecht, H.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of tryparedoxin I from Crithidia fasciculata
著者: Kalisz, H.M. / Nogoceke, E. / Gommel, D.U. / Hofmann, B. / Flohe, L. / Hecht, H.-J.
履歴
登録2000年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPAREDOXIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3931
ポリマ－16,3931
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.940, 51.390, 71.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRYPAREDOXIN I


分子量: 16393.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crithidia fasciculata (真核生物) / 株: HS6 / 参照: UniProt: O96438
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 4000, Tris/HCl, Sodium acetate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 294 K
詳細: Kalisz, H.M., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 696.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
113.5 mg/mlenzyme1drop
233 %(w/w)PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.7
450 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.2 Å / Num. all: 15563 / Num. obs: 15563 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Num. unique all: 2288 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.7→41.9 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 776 -RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.172 15563 --
obs0.168 14787 97.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1153 0 0 233 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.036
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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