PDB-1ews: THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE RABBIT KIDNEY DEF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ews

タイトル

THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE RABBIT KIDNEY DEFENSIN, RK-1

要素

RK-1 DEFENSIN

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha defensin / triple-stranded beta-sheet

機能・相同性

RK-1-like defensin / RK-1-like defensin / defense response to bacterium / extracellular region / Corticostatin-related peptide RK-1

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

McManus, A.M. / Dawson, N.F. / Wade, J.D. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of RK-1: a novel alpha-defensin peptide.
著者: McManus, A.M. / Dawson, N.F. / Wade, J.D. / Carrington, L.E. / Winzor, D.J. / Craik, D.J.

履歴

登録	2000年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ews.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ews.ent.gz	166 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ews.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ews_validation.pdf.gz	350.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ews_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	1ews_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	1ews_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ews ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ews	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zmm-2 1tv0-d 4rbx-d 2rty-d 2nlb-1 3pis-2 3qte-2 1ard-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RK-1 DEFENSIN

3.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #9	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	RK-1 DEFENSIN / ALPHA-DEFISIN 分子量: 3712.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: KIDNEY / 参照: UniProt: P81655
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY
2	3	2	E-COSY
2	4	2	2D NOESY
3	5	3	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5 mM RK1	90% H2O/10% D2O
2	1.5 mM RK1	100% D2O
3	1.5 mM RK1	30% CD3CN: 70% H2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	3.5	ambient	308 K
2	3.5	ambient	308 K
3	3.5	ambient	308 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
X-EASY	1.3.7	Eccles, Guntert, Billeter, Wuthrich	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 509 distance restraints consisting of 498 NOE-derived distance restraints, 11 restraints from hydrogen bonds and 31 dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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