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万見
- PDB-1ew0: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE SENSOR DOMAIN OF RMFIXL(FERROUS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ew0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE SENSOR DOMAIN OF RMFIXL(FERROUS FORM)
要素FIXL
キーワードTRANSFERASE / OXYGEN SENSOR / HEME PROTEIN / HISTIDINE KINASE / RHIZOBIUM MELILOTI
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Sensor protein FixL
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Miyatake, H. / Mukai, M. / Park, S.-Y. / Adachi, S. / Tamura, K. / Nakamura, H. / Nakamura, K. / Tsuchiya, T. / Iizuka, T. / Shiro, Y.
引用
ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2000
タイトル: Sensory mechanism of oxygen sensor FixL from Rhizobium meliloti: crystallographic, mutagenesis and resonance Raman spectroscopic studies
著者: Miyatake, H. / Mukai, M. / Park, S.-Y. / Adachi, S. / Tamura, K. / Nakamura, H. / Nakamura, K. / Tsuchiya, T. / Iizuka, T. / Shiro, Y.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1999
タイトル: Dynamic light-scattering and preliminary crystallographic studies of the sensor domain of the haem-based oxygen sensor FixL from Rhizobium meliloti.
著者: Miyatake, H. / Kanai, M. / Adachi, S. / Nakamura, H. / Tamura, K. / Tanida, H. / Tsuchiya, T. / Iizuka, T. / Shiro, Y.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Iron coordination structure of oxygen sensor FixL characterized by Fe K-edge EXAFS and resonance Raman spectroscopy
著者: Miyatake, H. / Mukai, M. / Adachi, S. / Nakamura, H. / Tamura, K. / Iizuka, T. / Shiro, Y. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2000年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIXL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1392
ポリマ－14,5221
非ポリマー6161
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.300, 37.040, 53.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FIXL


分子量: 14522.385 Da / 分子数: 1 / 断片: SENSOR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: PET-14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P10955, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, acetic acid/NaOH, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 mMprotein1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
3200 mMammonium acetate1reservoir
440 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→100 Å / Num. all: 165005 / Num. obs: 33489 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 4730 / % possible all: 84.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 165005

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.4→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 982 -RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.205 19646 --
obs0.205 18664 92.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1019 0 43 68 1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.527
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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