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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1evp | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CHIMERICAL DECAMER D(CCACTAGTG)R(G) | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-D(*![]() DNA-RNA HYBRID / A-DNA / B-DNA / DNA-RNA CHIMERA / NUCLEIC ACID STRUCTURE / STRUCTURAL CONVERSION / DNA-RNA COMPLEX | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Wahl, M.C. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: B-form to A-form conversion by a 3'-terminal ribose: crystal structure of the chimera d(CCACTAGTG)r(G). 著者: Wahl, M.C. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 322 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 322.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3061.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MGCL2, SPERMINE, MPD, SODIUM CACODYLATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 4634 / Num. obs: 4634 / % possible obs: 87.4 % / Rmerge(I) obs: 0.031 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 67.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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