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- PDB-1ev7: CRYSTAL STRUCTURE OF DNA RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ev7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DNA RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI
要素TYPE IIE RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI
キーワードHYDROLASE / apo-NaeI / restriction endonuclease / topoisomerase / helix-turn-helix / CAP
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Type II restriction enzyme NaeI / Restriction endonuclease NaeI / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle ...Type II restriction enzyme NaeI / Restriction endonuclease NaeI / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme NaeI
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Huai, Q. / Colandene, J.D. / Chen, Y. / Luo, F. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of NaeI-an evolutionary bridge between DNA endonuclease and topoisomerase.
著者: Huai, Q. / Colandene, J.D. / Chen, Y. / Luo, F. / Zhao, Y. / Topal, M.D. / Ke, H.
履歴
登録2000年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE IIE RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI
B: TYPE IIE RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7682
ポリマ－70,7682
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.780, 56.160, 59.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The deposited coordinates contain a biologically active dimer of NaeI

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要素

#1: タンパク質 TYPE IIE RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI


分子量: 35384.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
プラスミド: PMALC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50187, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.1
詳細: 20 mM malaic acid, 20 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 1 mM 2-mercaptoethanol, 2% PEG3350, 1.5% ethanol, pH 6.1, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMmalaic acid11
220 mM11NaCl
35 mM11CaCl2
41 mMbeta-mercaptoethanol11
52 %PEG335011
61.5 %ethanol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.978
検出器タイプ: BRANDEIS - B1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 68874 / Num. obs: 25755 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Num. unique all: 2118 / % possible all: 73.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 68874
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.38→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: molecular dynamic refinement as implemented in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 2544 -Reflections were automatically selected by CNS
Rwork0.2375 ---
all-23128 --
obs-25672 79.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 0 91 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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