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- PDB-1ev0: SOLUTION STRUCTURE OF THE MINE TOPOLOGICAL SPECIFICITY DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ev0
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE MINE TOPOLOGICAL SPECIFICITY DOMAIN
要素MINE
キーワードCELL CYCLE / MinE / topological specificity / cell division / MinCD / minicell
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum site selection / regulation of division septum assembly / ATPase activator activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cell division topological specificity factor MinE / Cell Cycle; Chain A / Cell division topological specificity factor MinE / Cell division topological specificity factor MinE superfamily / Septum formation topological specificity factor MinE / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division topological specificity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, dynamical simulated annealing
データ登録者King, G.F. / Maciejewski, M.W. / Pan, B. / Mullen, G.P.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the topological specificity function of MinE.
著者: King, G.F. / Shih, Y.L. / Maciejewski, M.W. / Bains, N.P. / Pan, B. / Rowland, S.L. / Mullen, G.P. / Rothfield, L.I.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1989
タイトル: A Division Inhibitor and a Topological Specificity Factor Coded for by the Minicell Locus Determine Proper Placement of the Division Septum in E. coli
著者: de Boer, P.A.J. / Crossley, R.E. / Rothfield, L.I.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Proper Placement of the Escherichia coli Division Site Requires Two Functions that are Associated with Different Domains of the MinE Protein
著者: Zhao, C.R. / de Boer, P.A.J. / Rothfield, L.I.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: The MinE ring: An FtsZ-Independent Cell Structure Required for Selection of the Correct Division Site in E. coli
著者: Raskin, D.M. / de Boer, P.A.J.
#4: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 1999
タイトル: The Dimerization and Topological Specificity Functions of MinE Reside in a Structurally Autonomous C-terminal Domain
著者: King, G.F. / Rowland, S.L. / Pan, B. / Mackay, J.P. / Mullen, G.P. / Rothfield, L.I.
履歴
登録2000年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINE
B: MINE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4272
ポリマ－13,4272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60Lowest energy and least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 MINE / CELL DIVISION TOPOLOGICAL SPECIFICITY FACTOR


分子量: 6713.656 Da / 分子数: 2 / 断片: MINE TOPOLOGICAL SPECIFICITY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A734

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D HNHA and 3D HNHB
1312D HMQC-J
1413D 15N-separated TOCSY
1543D 13C-separated NOESY
1623D CBCA(CO)NH and 3D HN(CA)CB
1723D HNCO
1843D (H)CCH-TOCSY
1923D C(CO)NH TOCSY and 3D HC(CO)NH TOCSY
110313C and 15N 3D edited/filtered NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Intermonomer NOEs were determined using a heterolabeled protein sample.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.0 mM U-15N,13C MinE; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; 15 mM DTT; 1 mM EDTA; 0.02% sodium azide; 1 mM 4-(2-aminoethyl)benzenesulfonyl fluoride; pH 5.792.5% H2O, 7.5% D2O
23.5 mM U-15N MinE; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; 15 mM DTT; 1 mM EDTA; 0.02% sodium azide; 1 mM 4-(2-aminoethyl)benzenesulfonyl fluoride; pH 5.792.5% H2O, 7.5% D2O
32.13 mM unlabeled MinE; 2.06 mM U-15N,13C MinE; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; 15 mM DTT; 1.5 mM EDTA; 0.02% sodium azide; 0.2 mM PMSF; pH 5.795% H2O/5% D2O
43.0 mM U-15N,13C MinE; 20 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; 15 mM DTT; 1.5 mM EDTA; 0.02% sodium azide; 0.2 mM PMSF; pH 5.7100% D2O
試料状態イオン強度: 0.075 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Molecular Simulations解析
XEASY1.3.13Tai-he Xia and Christian Bartelsデータ解析
DYANA1.5Peter Guentert構造決定
X-PLOR3.851Axel Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, dynamical simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: 900 structures were calculated using torsion angle dynamics (DYANA). The best 60 structures were then refined using dynamical simulated annealing in X-PLOR.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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