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- PDB-1euo: Crystal structure of nitrophorin 2 (prolixin-S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1euo
タイトルCrystal structure of nitrophorin 2 (prolixin-S)
要素NITROPHORIN 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta barrel / lipocalin / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AMMONIA / Nitrophorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of nitrophorin 2. A trifunctional antihemostatic protein from the saliva of Rhodnius prolixus
著者: Andersen, J.F. / Montfort, W.R.
履歴
登録2000年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROPHORIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7143
ポリマ－20,0801
非ポリマー6342
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.340, 127.960, 33.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-259-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer containing a single heme prosthetic group. His 57 forms the proximal heme ligand, and NH3 forms the distal ligand.

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要素

#1: タンパク質 NITROPHORIN 2 / PROLIXIN-S


分子量: 20080.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 遺伝子: SALIVARY GLAND CDNA / 器官: SALIVARY GLAND / プラスミド: PET 17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26241
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: ammonium phosphate, Tris-HCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.8 Mammonium phosphate1reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→9.2 Å / Num. all: 12186 / Num. obs: 12186 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique all: 187 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 49410
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.3 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→9.2 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used simulated annealing and maximum likelihood procedures.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 599 -Random
Rwork0.195 ---
all0.197 11592 --
obs0.197 11592 94.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→9.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1411 0 44 80 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.19 / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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