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- PDB-1eum: CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI FERRITIN ECFTNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eum
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI FERRITIN ECFTNA
要素FERRITIN 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / E.coli non heme Ferritin / EcFtnA
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / iron ion sequestering activity / ferroxidase activity / ferric iron binding / cellular response to iron ion / ferrous iron binding / iron ion transport / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / DNA damage response ...bacterial non-heme ferritin / iron ion sequestering activity / ferroxidase activity / ferric iron binding / cellular response to iron ion / ferrous iron binding / iron ion transport / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / DNA damage response / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial non-heme ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Stillman, T.J. / Hempstead, P.D. / Artymiuk, P.J. / Andrews, S.C. / Hudson, A.J. / Treffry, A. / Guest, J.R. / Harrison, P.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The high-resolution X-ray crystallographic structure of the ferritin (EcFtnA) of Escherichia coli; comparison with human H ferritin (HuHF) and the structures of the Fe(3+) and Zn(2+) derivatives.
著者: Stillman, T.J. / Hempstead, P.D. / Artymiuk, P.J. / Andrews, S.C. / Hudson, A.J. / Treffry, A. / Guest, J.R. / Harrison, P.M.
履歴
登録2000年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRITIN 1
B: FERRITIN 1
C: FERRITIN 1
D: FERRITIN 1
E: FERRITIN 1
F: FERRITIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6576
ポリマ－116,6576
非ポリマー00
水7,080393
1
A: FERRITIN 1
B: FERRITIN 1
C: FERRITIN 1
D: FERRITIN 1
E: FERRITIN 1
F: FERRITIN 1

A: FERRITIN 1
B: FERRITIN 1
C: FERRITIN 1
D: FERRITIN 1
E: FERRITIN 1
F: FERRITIN 1

A: FERRITIN 1
B: FERRITIN 1
C: FERRITIN 1
D: FERRITIN 1
E: FERRITIN 1
F: FERRITIN 1

A: FERRITIN 1
B: FERRITIN 1
C: FERRITIN 1
D: FERRITIN 1
E: FERRITIN 1
F: FERRITIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,62624
ポリマ－466,62624
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area68930 Å2
ΔGint-511 kcal/mol
Surface area141520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.920, 129.920, 173.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a 24-mer with 432 symmetry. The tetracosamer is generated from the six subunits in the asymmetric unit by the four-fold

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要素

#1: タンパク質
FERRITIN 1


分子量: 19442.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PUC18A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A998
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.2
詳細: 20 mM Piperazine HCl Buffer, 1mM EDTA, 0.1 - 0.6M NaCl, pH 5.2, MICRODIALYSIS, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMpiperazine/HCl11
21 mMEDTA11
30.1-0.6 M11NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.2 Å / Num. all: 202488 / Num. obs: 87413 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 32.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique all: 6615 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 202488
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 2.05→39.2 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4422 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 87405 --
obs0.188 82983 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8004 0 0 393 8397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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