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万見
- PDB-1euj: A NOVEL ANTI-TUMOR CYTOKINE CONTAINS A RNA-BINDING MOTIF PRESENT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1euj
タイトルA NOVEL ANTI-TUMOR CYTOKINE CONTAINS A RNA-BINDING MOTIF PRESENT IN AMINOACYL-TRNA SYNTHETASES
要素ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2
キーワードCYTOKINE / EMAP 2 / EMAP II / tRNA synthetase / apoptosis / RNA binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucagon secretion / Selenoamino acid metabolism / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / leukocyte migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cytokine activity / GTPase binding / cell-cell signaling ...positive regulation of glucagon secretion / Selenoamino acid metabolism / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / leukocyte migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cytokine activity / GTPase binding / cell-cell signaling / angiogenesis / defense response to virus / tRNA binding / inflammatory response / translation / apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Shin, J. / Li, R. / Cheong, C. / Kim, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: A novel anti-tumor cytokine contains an RNA binding motif present in aminoacyl-tRNA synthetases.
著者: Kim, Y. / Shin, J. / Li, R. / Cheong, C. / Kim, K. / Kim, S.
履歴
登録2000年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2
B: ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4842
ポリマ－36,4842
非ポリマー00
水3,477193
1
A: ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2421
ポリマ－18,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2421
ポリマ－18,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.01, 38.34, 80.99
Angle α, β, γ (deg.)90, 112.90, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a monomer in vivo, but forms a dimer in a asymmetric unit in crystal by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 ENDOTHELIAL MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE 2 / EMAP 2


分子量: 18242.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12904
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% PEG 4000, 100 mM NaAcetate, 15 mM MgCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
41 mMEDTA1drop
5100 mM1dropKCl
6100 mMsodium acetate1reservoir
720 %(w/v)PEG40001reservoir
815 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 35728 / Num. obs: 31502 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 37.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 96335
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 37.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 2329 random
Rwork0.208 --
all0.213 31502 -
obs0.21 30829 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 0 193 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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