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万見
- PDB-1etl: STRUCTURAL CHARACTERISTICS FOR BIOLOGICAL ACTIVITY OF HEAT-STABLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1etl
タイトルSTRUCTURAL CHARACTERISTICS FOR BIOLOGICAL ACTIVITY OF HEAT-STABLE ENTEROTOXIN PRODUCED BY ENTEROTOXIGENIC ESCHERICHIA COLI: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF WEAKLY TOXIC AND NONTOXIC ANALOGS
要素5-BETA-MERCAPTOPROPIONATE HEAT-STABLE ENTEROTOXIN
キーワードENTEROTOXIN
機能・相同性Heat-stable enterotoxin, STa / Heat-stable enterotoxin, conserved site / Heat-stable enterotoxin ST / Heat-stable enterotoxins signature. / Intestinal infectious diseases / toxin activity / extracellular space / Heat-stable enterotoxin ST-IA/ST-P
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Sato, T. / Shimonishi, Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structural characteristics for biological activity of heat-stable enterotoxin produced by enterotoxigenic Escherichia coli: X-ray crystallography of weakly toxic and nontoxic analogs.
著者: Sato, T. / Ozaki, H. / Hata, Y. / Kitagawa, Y. / Katsube, Y. / Shimonishi, Y.
#1: ジャーナル: Bull.Chem.Soc.Jpn. / 年: 1992
タイトル: Semi-Preparative Purification and Crystallization of Synthetic Analogs of Heat-Stable Enterotoxin of Enterotoxigenic Escherichia Coli
著者: Sato, T. / Ito, H. / Takeda, Y. / Shimonishi, Y.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Molecular Structure of the Toxic Domain of Heat-Stable Enterotoxin Produced by a Pathogenic Strain of Escherichia Coli
著者: Ozaki, H. / Sato, T. / Kubota, H. / Hata, Y. / Katsube, Y. / Shimonishi, Y.
#3: ジャーナル: Bull.Chem.Soc.Jpn. / 年: 1990
タイトル: Structure-Activity Relationship of Escherichia Coli Heat-Stable Enterotoxin: Role of Ala Residue at Position 14 in Toxin-Receptor Interaction
著者: Yamasaki, S. / Sato, T. / Hidaka, Y. / Ozaki, H. / Ito, H. / Hirayama, T. / Takeda, Y. / Sugimura, T. / Tai, A. / Shimonishi, Y.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1985
タイトル: Essential Structure for Full Enterotoxigenic Activity of Heat-Stable Enterotoxin Produced by Enterotoxigenic Escherichia Coli
著者: Yoshimura, S. / Ikemura, H. / Watanabe, H. / Aimoto, S. / Shimonishi, Y. / Hara, S. / Takeda, T. / Miwatani, T. / Takeda, Y.
履歴
登録1994年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年6月19日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-BETA-MERCAPTOPROPIONATE HEAT-STABLE ENTEROTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2451
ポリマ－1,2451
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.928, 10.219, 17.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 5-BETA-MERCAPTOPROPIONATE HEAT-STABLE ENTEROTOXIN / (MPR==5== / GLY==13==)STP(5-17)


分子量: 1244.529 Da / 分子数: 1 / 変異: A13G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 18D / 参照: UniProt: P01559
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN SITE RECORDS BELOW, GLY 13 IS ALA 13 IN NATURAL TOXIN.
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON SEQUENCE FROM ENTEROTOXIGENIC (ESCHERICHIA COLI, STRAIN 18D). THE THIRTEEN ...THE SEQUENCE IS BASED ON SEQUENCE FROM ENTEROTOXIGENIC (ESCHERICHIA COLI, STRAIN 18D). THE THIRTEEN RESIDUE PEPTIDE CORRESPONDS TO RESIDUES 5 - 17, WITH ALA 13 REPLACED BY GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.8 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 0.89 Å / Num. obs: 5907 / Num. measured all: 12577 / Rmerge(I) obs: 0.033

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解析

ソフトウェア名称: FMLS/VP / 分類: 精密化
精密化解像度: 0.89→10.6 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.073 --
obs-5492 99.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→10.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数81 0 0 13 94
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.073
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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