ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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CNS | 精密化 | DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 解像度: 1.7→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2099571.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Least squares method
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.21 | 4160 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.188 | - | - | - |
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obs | 0.188 | 41325 | 91.4 % | - |
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all | - | 45129 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.62 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.17 Å2 | -0.26 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.17 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 6.33 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.21 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.34 Å | 0.33 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→500 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2582 | 0 | 5 | 243 | 2830 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d26.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.93 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.351 | 599 | 10.4 % |
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Rwork | 0.344 | 5155 | - |
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obs | - | - | 76.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree: 0.21 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.4 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg26.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.93 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.351 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.344 / Num. reflection obs: 6099 |
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