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- PDB-1esm: STRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA COLI ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1esm
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA COLI PANTOTHENATE KINASE BY COENZYME A
要素PANTOTHENATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine kinase activity / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantothenate kinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yun, M. / Park, C.G. / Kim, J.Y. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the feedback regulation of Escherichia coli pantothenate kinase by coenzyme A.
著者: Yun, M. / Park, C.G. / Kim, J.Y. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.W.
履歴
登録2000年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PANTOTHENATE KINASE
B: PANTOTHENATE KINASE
C: PANTOTHENATE KINASE
D: PANTOTHENATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0068
ポリマ－146,9364
非ポリマー3,0704
水5,423301
1
A: PANTOTHENATE KINASE
B: PANTOTHENATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0034
ポリマ－73,4682
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
2
C: PANTOTHENATE KINASE
D: PANTOTHENATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0034
ポリマ－73,4682
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13810 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area50940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.00, 71.24, 87.68
Angle α, β, γ (deg.)102.44, 89.48, 93.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PANTOTHENATE KINASE / PANK


分子量: 36733.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6I3, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, isopropanol, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMTris-HCl1drop
21 mMdithiothreitol1drop
31 mMEDTA1drop
420 mg/mlprotein1drop
52 mMAMPPNP1drop
611 %PEG80001reservoir
70.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 46593 / Num. obs: 46593 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Num. unique all: 1344 / % possible all: 52.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 335425
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 2071 -RANDOM
Rwork0.2013 ---
all-41211 --
obs-41211 81.44 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9980 0 192 301 10473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.594
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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