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- PDB-1es7: COMPLEX BETWEEN BMP-2 AND TWO BMP RECEPTOR IA ECTODOMAINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1es7
タイトルCOMPLEX BETWEEN BMP-2 AND TWO BMP RECEPTOR IA ECTODOMAINS
要素
  • BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR IA
  • BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2
キーワードCYTOKINE / protein-protein complex / three finger toxin fold / receptor-ligand complex / cytokine receptor / TGF beta superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / Mullerian duct regression / heart formation ...neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / Mullerian duct regression / heart formation / cardiac jelly development / atrioventricular node cell development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / mesendoderm development / enzyme activator complex / dorsal aorta morphogenesis / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / tricuspid valve morphogenesis / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / atrioventricular valve development / cardiac right ventricle morphogenesis / positive regulation of phosphatase activity / mesenchyme development / ameloblast differentiation / aortic valve development / telencephalon regionalization / BMP binding / hindlimb morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / heart induction / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / lateral mesoderm development / ventricular compact myocardium morphogenesis / pituitary gland development / pericardium development / mitral valve morphogenesis / lung vasculature development / BMP receptor complex / negative regulation of smooth muscle cell migration / regulation of cellular senescence / BMP receptor activity / proteoglycan metabolic process / dorsal/ventral axis specification / co-receptor binding / neural crest cell development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / ectoderm development / BMP receptor binding / cardiac conduction system development / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / cellular response to BMP stimulus / cardiac muscle cell differentiation / Signaling by BMP / central nervous system neuron differentiation / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / astrocyte differentiation / positive regulation of ossification / cardiac muscle tissue morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of p38MAPK cascade / atrioventricular valve morphogenesis / positive regulation of dendrite development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / SMAD binding / bone mineralization / positive regulation of osteoblast proliferation / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development
類似検索 - 分子機能
: / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site ...: / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Bone morphogenetic protein receptor type-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kirsch, T. / Sebald, W. / Dreyer, M.K.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the BMP-2-BRIA ectodomain complex.
著者: Kirsch, T. / Sebald, W. / Dreyer, M.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Human Bone Morphogenetic Protein-2 at 2.7 A Resolution
著者: Scheufler, C. / Sebald, W. / Hulsmeyer, M.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000
タイトル: Isolation of Recombinant BMP Receptor IA Ectodomain and its 2:1 Complex with BMP-2
著者: Kirsch, T. / Nickel, J. / Sebald, W.
履歴
登録2000年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR IA
C: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2
D: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR IA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0574
ポリマ－46,0574
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.330, 109.330, 101.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological assembly is constructed from all four chains in the asymmetric unit and contains one covalently linked BMP-2 dimer and two receptor chains

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要素

#1: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2 / BMP-2


分子量: 13126.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RBSIIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR IA / ALK-3


分子量: 9902.242 Da / 分子数: 2 / Fragment: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36894, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium acetate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1drop
30.7 M1dropNaCl
40.75 Msodium acetate1reservoir
50.1 mMimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→16 Å / Num. all: 52517 / Num. obs: 57236 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1467 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. obs: 15184
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRAMBOデータ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→100 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 1519 10 %random
Rwork0.1905 ---
all-15416 --
obs-15184 9.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 0 82 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006855
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31301
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.3 -
Rwork0.278 -
obs-99.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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