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- PDB-1es6: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATRIX PROTEIN OF EBOLA VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1es6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MATRIX PROTEIN OF EBOLA VIRUS
要素MATRIX PROTEIN VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / beta sandwich / anti-parallel strands / beta sheet / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich ...EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein VP40 / Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus sp. (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dessen, A. / Volchkov, V. / Dolnik, O. / Klenk, H.-D. / Weissenhorn, W.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the matrix protein VP40 from Ebola virus.
著者: Dessen, A. / Volchkov, V. / Dolnik, O. / Klenk, H.D. / Weissenhorn, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the matrix protein from Ebola virus
著者: Dessen, A. / Forest, E. / Volchkov, V. / Dolnik, O. / Klenk, H.-D. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2000年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX PROTEIN VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8611
ポリマ－31,8611
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.637, 91.094, 49.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MATRIX PROTEIN VP40


分子量: 31860.824 Da / 分子数: 1 / 変異: H269L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus sp. (エボラウイルス)
属: Ebola-like viruses / 株: ZAIRE / 解説: EBOLA VIRUS RNA GENOME / プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q913A4, UniProt: Q77DJ6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris, PEG 750 monomethylether, magnesium chloride, beta-octylglucoside , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Dessen, A., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 758.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMTris1reservoir
225 %PEG750 MME1reservoir
3100 mM1reservoirMgCl2
40.2 %beta-octylglucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8855
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 19062 / Num. obs: 17806 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 24.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Num. unique all: 1170 / % possible all: 86.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 166358
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1857 10 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.223 18864 --
obs0.223 17007 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1965 0 0 121 2086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.3 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.337 / Rfactor obs: 0.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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