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- PDB-1erj: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL WD40 DOMAIN OF TUP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1erj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL WD40 DOMAIN OF TUP1
要素TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1
キーワードTRANSCRIPTION INHIBITOR / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / mediator complex binding / hyperosmotic response / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / transcription repressor complex / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response ...carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / mediator complex binding / hyperosmotic response / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / transcription repressor complex / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcriptional repressor Tup1, N-terminal / Tup N-terminal / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Transcriptional repressor Tup1, N-terminal / Tup N-terminal / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcriptional corepressor TUP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sprague, E.R. / Redd, M.J. / Johnson, A.D. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structure of the C-terminal domain of Tup1, a corepressor of transcription in yeast.
著者: Sprague, E.R. / Redd, M.J. / Johnson, A.D. / Wolberger, C.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1
C: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9243
ポリマ－129,9243
非ポリマー00
水4,774265
1
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3081
ポリマ－43,3081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3081
ポリマ－43,3081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3081
ポリマ－43,3081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.280, 119.280, 77.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TUP1


分子量: 43308.137 Da / 分子数: 3
断片: C-TERMINAL WD40 DOMAIN (RESIDUES 389 TO 431 DELETED)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16649
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 6000, Bis-Tris Propane, NaCl, DTT, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150-100 mMbis-tris-propane1reservoir
250 mM1reservoirNaCl
323-26 %(w/v)PEG60001reservoir
42 mMdithiothreitol1reservoiror 1 mM BMS

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 53866 / Num. obs: 53856 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique all: 53788 / % possible all: 95.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: mlf target in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2721 -RANDOM
Rwork0.228 ---
all-54440 --
obs-53788 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7979 0 0 265 8244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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